冷藏集装箱的基本类型按使用功能分有隔热式、自冷式和冷热式三类，隔热式集装箱设有隔热层的箱体,不设制冷机组。这类箱子在一端有风口,可外接冷风,故又称通风式:自冷式集装箱本身带有制冷机组。其制冷机组又有机械式(固定机组式或挂装机组式)和非机械式之分。机械式制冷机组多为R12、R22、R502或R134a等氟利昂制冷机。非机械式制冷机组利用液氮液态二氧化碳等制冷:冷热式集装箱类同于机械式,它除了能向集装箱供冷之外,必要时还能对箱体加热,提高并保持箱内一定的温度。
冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
冷藏集装箱脱离制冷时间：各种运输方式之间的交接可能出现短途运输或制冷系统故障，造成停止制冷。对冷冻和冷藏保鲜货物短时间地停止制冷状态是允许的。许多产品出现几小时的停止制冷可以接受，但并非所有货物都如此。对任何冷藏货物均不允许出现长时间地停止制冷。对特种货物和温度灵敏货物应保持制冷系统连续工作，避免任何温度波动造成货物质量下降。
