冷藏集装箱广泛采用机械式制冷装置，又分冷冻式和冷藏式两种。冷冻式冷藏集装箱箱内温度在-18℃以下，用于运送冻结食品，如猪肉、牛肉、鱼、家禽等：冷藏式冷藏集装箱箱内温度一般在5℃~-16℃，适用于运送水果、蔬菜、花木等。国际间通用的冷藏集装箱一般均为冷冻冷藏箱，制冷装置和加热装置可以根据使用要求任意调节箱内温度，即可运送冻食品，又可运送冷却食品或其它货物。
冷藏集装箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。长距离运输时，箱内设定温度与实际温度差不能过大。运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开通风口，进行通风换气。
冷藏集装箱也被人用来改做住人活动板房，因为稳定、环保节能、组合灵敏、拆解便当，常用于工地上的工人暂时寓居运用在局部中央也能看到用于野外作业用房，这时候尤其要注意防火。而冷藏集装箱的防火需做好以下几个方面。一是增强集装箱内人员管理，电源统一管理；二是严禁电线私拉乱接、运用大功率电器；三是集装箱内的线路需停止套管处置；四是人走电断，电器设备运用后需断电四是增强工人消防平安认识。
