液体生物燃料是以动植物为来源的燃料，产业化运作液体生态燃料主要包括生物柴油和燃料乙醇。生物柴油是以可永续生产供应的植物油脂（诸如黄豆油、菜籽油）或动物油脂为原料制取的脂肪酸甲酯，通称为生质柴油。它是经济有效的将太阳能经由植物的光合作用，而转换为动态能源，以供为柴油发动机交通车辆应用。同时它又是可再生和具有生物可分解性的植物油脂加工油品（相反地，石油系为而生物不可分解性的油品并拥有致癌性有毒成份）。
乙醇，有称为酒精，是以玉米、小麦、薯类、糖蜜或植物等为原料，经发酵、蒸馏而制成，将乙醇进一步脱水再经过不同形式的变性处理后成为变性燃料乙醇。燃料乙醇可加入汽油中作为品质改善剂（此即所谓的“乙醇汽油”）。因此，燃料乙醇不是一般的酒精，而是它的加工产品。车用的乙醇汽油是在汽油中加一定比例的变性燃料乙醇而形成的一种新型混合燃料。
生物液体燃料经过几年的蓬勃发展，其对环境的负效应引起了人们的关注，争论也日趋激烈，各国重新审视生物燃料政策成本以及这些政策可能产生的后果。近年来的研究表明，生物燃料生产的环境成本因原料生产与供应、转化技术等不同差异，使用生物燃料以减轻环境污染的政策目标受到越来越多学者的质疑。
研究发现，与石油相比，不同的生物燃料在温室气体减排上的作用千差万别。视生产原料和加工方法不同，一些生物燃料排放的温室气体甚至超过化石燃料。提高生物燃料产量引发的直接或间接的土地用途转变，也会产生温室气体，如将森林草场转为作物种植便释放了土壤中贮藏的碳。
近年来，随着生物燃料的快速发展，市场对能源作物需求远远超过了对农产品的需求，能源作物的大规模种植造成土地利用方式的转变，农田、甚至林地、草场大规模用来种植能源作物，而这种土地利用方式的转变造成的潜在影响。
为了抑制土地用途的快速转变，对能源作物种植的土地潜力研究正在积极开展，有学者研究了麻风树、甘薯等能源作物种植的土地潜力。在过去50a中，全球农作物产量的大部分增量（约80%）来自单产提高，其余来自扩大种植面积和提高复种指数。
世界范围内除去森林、保护区及用于满足不断增长的粮食和畜牧业需求所需土地之外，可以用于扩大种植面积的土地估计约在2.5×108～8×108hm2之间，其中大部分位于拉丁美洲热带地区或非洲。从近期看，可以通过扩大原料作物种植面积来满足对生物燃料的需求；而就中长期而言，开发优良作物品种、转变农作方式和发明新技术（例如纤维素转化）则可能发挥决定性作用。
单产大幅提高及技术进步是实现生物燃料作物可持续生产的关键，从而能够大限度地抑制农田、林地、草场等向非农田土地的快速转变。
