由于复合碘对于原生动物的蛋白质都有阻碍合成的作用，所以使用后池塘中的有益菌会和其他真菌、病毒一样都会被杀灭掉。所以，在使用了复合碘之后还是需要对池塘进行重新培菌
需要注意的是复合碘的用量不能太大，按照说明书的剂量来使用，一般浓度多控制到0.1ppm。浓度超标不仅会延长碘在池塘中的活性时间，更为重要的是这样的碘制剂用量超标还会对水产有毒害作用。
复合碘是很好的浸泡消毒药[消毒药，中药名。]品，主要是作为消毒剂使用，复合碘可以浸泡鱼卵，给器具消毒，很多时候都可以使用复合碘，因为复合碘中含有的碘元素活性很强，对细菌、病毒、霉菌、原生动物、芽孢、孢子虫、线虫均有抑制和杀灭的作用。
复合碘的优点
复合碘的杀菌效果比较好，易溶于水也不会脱碘，性能比较多稳定，有效浓度低不会**皮肤和黏膜等优良性能。复合碘可以安全用于水生生物细菌性疾病和病毒性疾病的防治，而且复合碘没有**性，因此它可以用于鱼卵的药浴消毒和苗种浸浴。
虾塘复合碘阴雨天气可以使用吗
虾塘复合碘阴雨天气不可以使用，一般在早上或者傍晚使用复合碘制剂，因为复合碘制剂遇到光之后便容易分解，而光照在早上或者傍晚通常比较弱，有利于药效的发挥。2不可以在阴雨天使用复合碘制剂，避免出现缺氧的情况，也不宜在正午使用，因为正午有强烈的阳光，容易降低药效。
表面活性剂分为离子型表面活性剂（包括阳离子表面活性剂与阴离子表面活性剂）、非离子型表面活性剂、两性表面活性剂、复配表面活性剂、其他表面活性剂等。
