区别一：设立手续差别
子公司：在法律上完全立的公司，既是立的核算主体，同样也是立纳税的纳税主体。也就是子公司要有完整的工商登记和税务登记手续。子公司是立的法人，拥有自己立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己立承担。
分公司：不是立的法律主体， 不具有法人，其民事责任由总公司承担。但仍需要在经营地工商部门办理登记注册手续，只是手续较为简单，无需实收资本，由总部出资设立即可。任何分公司都没有注册资本的概念。
在异地成立的分公司，属于税法中的分支机构，选择何种核算模式完全取决于管理需要，也就是说分公司注册登记时可以选择立核算或是非立核算的核算方式（核算方式与是否分公司没有关系），现行财税政策并无强制性规定。
分公司设立的条件
1、设立分公司在符合国家规定的情况下，以总公司名来进行命名;
2、分公司的经营范围不能超过总公司的经营范围;
3、分公司不能拥有法人，它只能作为一个总公司在注册地外设立的经营机构。
分公司注册流程。
名称核定：
1、开办公司的全体股东或股份有限公司的全体发起人签署的分公司名称预先核准申请书
2、公司的法人明：经工商行政管理局加盖公章的公司《企业法人营业执照》复印件
3 营业执照副本复印件(加盖公章)
4 公司委托代理人的(授权委托书)以及被委托人的复印件
5、住所(经营场所)登记表
6 分公司设立登记申请书
