冷藏集装箱调温范围广，从常温到一20℃左右都能调节。通用性强，能运输不同温度要求的货物；
冷藏集装箱自动控制方便；
冷藏集装箱箱内温度分布较均匀：
冷藏集装箱适宜远距离运输，这是其相对于其他形式冷藏集装箱的的优点。
制冷加热集装箱是指设有制冷装置（机械式制冷或耗用制冷剂制冷）和加热装置的冷藏集装箱。这种集装箱不仅有制冷装置，而且具有加热装置，可以根据需要采取制冷或加热手段，使冷藏集装箱内的温度控制在所设定的范围内，一般箱内控制温度范围为一18℃～25℃。
冷藏集装箱的一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
随着现代化集装箱码头在世界各地的新建和集装箱码头基础设施和设备的不断完善，门到门的冷藏集装箱运输为食品冷链运营提供广阔的发展空间。因为满载食品、水果或者果汁的冷藏集装箱可以直接从农场、果园或者加工厂开到超级市场仓库或者配送中心，而拥有自足或者电力供应系统的冷藏集装箱本身也是冷藏食品的临时仓库，在远洋货轮、火车、驳船或者卡车上远途运输，尤其是现代化集装箱船可以把大批水果冷藏箱从拉丁美洲，长途跋涉地运到远东，中东、北美和欧洲等地区。
人们常用二手冷藏集装箱运输和保存易腐蚀货物（蛋白质制品或新鲜水果和蔬菜）。在日常使用中，很多人称它为“冻柜”，误认为它跟家用冰箱一样，可以在短时间内完全冷冻货物并长时间保持。实际上，这种认知是错误的，只对了其中一半。
二手冷藏集装箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持货物温度。也就是说，人们把-20℃的货物装进去，它能保持货物在-20℃，安全地运送到目的地；人们把5℃的货物装进去，它能保持货物在5℃下安全地运送到目的地。如果把常温下（20℃）的货物，直接装箱并要求它冷冻到-20℃，将无法实现。因此，货物在装入二手冷藏集装箱之前需先降温到温度。
