招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
在招标活动中，投标方为了后中标，一般会采取串标、陪标等方式来骗取中标。常见手段有：一是由于招标方与某一投标方之间存在某种利害关系，招标方会通过泄漏标底、串通等形式与投标方串标，以帮助投标方中标获得承建资格。
在招标活动后的中标阶段，中标方与招标方除了签订中标合同以外，常常还会签订其他与中标合同相关的补充协议。这些协议通常可以分为两类，其中一类协议虽然对原中标合同中的某些未尽事宜进行了简单的补充与说明，但同时也会订立一些与原合同条款相冲突或背离的内容，这样显然会影响到中标结果的公平性。另一类是对原中标合同中约定的价格、付款进度、工期等条款进行直接更改，会影响建设项目的完工情况与进度。因此，审计人员在对中标签约阶段进行审计时，应审查定标程序及方法是否满足合法合规性。还应着重观察中标方履行合同时的行为，分析、判断是否符合中标合同中签订的条款，是否存在中标合同以外的其他违规签订的协议。
投标方中标之后，有些中标方会做出“中标、结算”的行为。因为它们虽以较格获得了项目的承建资格，但往往以牺牲利润为代价。因此，在获得中标资格以后，他们为了从这个项目建设中得到更多的利益，于是将工程项目违法转分包给不具有承建资格的其他建设单位，从而向建设单位收取一定的管理费。对于此种情况，审计人员在对建设项目的签约阶段进行审计时，应通过对终中标方的往来项目或建设项目现场施工人员身份进行检查与核实来判断中标方是否有转分包等违法行为。
招标准备工作审计。充分的招标准备工作是做好招投标工作的一个前提。对招标准备阶段的审计，应审查招标项目的审批手续、资金落实情况，同时审查招标所采用的形式，是公开招标还是邀请招标;审查招标内容的合规性、合法性以及与招标方式相关规定的一致性。
一是程序规范化。审计招标严格按照相应的招标程序来选择与购买审计服务，审计服务需求方及招标方依照一定程序将其所需审计服务的内容以及相关条件等信息公开，满足条件的会计师事务所发起投标。 二是竞争性。审计服务需求方通过将其所需审计服务的内容以及相关要求公开来吸引会计师事务所，招标公示将很多招标信息提供给会计师事务所，使得会计师事务所能够公平地参与审计投标中来。 三是招标过程公正公平公开。
