微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体 嘁畸变，甚至断裂。
本系统是电—气混合型温度自动控制系统，由温度一次传感元件(铂热电阻Pt100)、一体化温度变送器、下位机(可编程序控制器)、上位机、电磁阀、气动薄膜阀、打印机、压缩空气过滤减压阀、压力变送器、气路等组成。
在可编程控制器内，各温区输出信号与水泵联动，即只有当水泵工作，继电器闭合时，气动薄膜阀才能执行自动调节，否则，调节阀将自动关闭。此外，对杀菌恒温区和高温区而言，若生产线上的某一环节发生故障，输瓶机构停止工作，系统将根据停机时间的长短自动调节温度设定值，确保杀菌质量。
从杀菌方式上分有三种：
1、 热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。
2、蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是均匀。
3、淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能全面、快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
淋水式杀菌又可分为淋水回转式；淋水静止式；脉动侧喷淋水式等 。
从罐体结构上分有三种：
1、单罐杀菌釜
2、双层杀菌釜
3、双锅并联式杀菌釜
4、立式杀菌釜
5、电汽两用杀菌釜
6、旋转式杀菌釜
主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
