专项审计调查的目的是为上级经济决策提供依据，因此作出审计调查结论和提出审计调查建议要在上级有关部门作出决策之前，否则就会错过时机，使审计调查失去了应有的价值。
专项审计调查，应成立专项审计调查组，制定好审计调查方案。按照审计计划，审计机关应根据专项审计调查事项的大小和工作难易程度及要求，指派能足够胜任该项工作的人员，组成调查组，确定调查组组长，实行组长负责制，明确责权。并由调查组组长负责拟定专项审计调查方案报请审计机关批准。在具体实施过程中，依据实际情况的发展变化，需要对专项审计调查方案进行调整，亦应在调整时补办报批程序和手续。专项审计调查方案涉及的主要内容包括调查的目标、范围、内容、程序、时间和人员分工等。
对专项审计调查中发现的违反国家财经法规行为，审计机关应依法作出相应的处理处罚。由于专项审计调查取得证明材料的方法主要是审计方法，在调查过程中，可能会发现被调查单位违反国家财经法规行为，对此，审计调查组应及时报告审计机关，审计机关应依法作出相应的处理处罚。对于属于本机关法定职权范围的，可直接进行处理处罚，但处理处罚要按照项目审计法定的审计程序进行，程序到位和合法。对不属本机关法定职权范围的，应向相关部门和单位进行移送，并取得移送的证明文书……
