集装箱运输的管理方法和工作体系与传统运输方式不同，其主要的关系方有集装箱运输经营人、无船承运人(NVOCC)、实际承运人、集装箱租赁公司、集装箱码头（堆场）和货运站。
掌握运输工具、并参与集装箱运输的承运人。通常他们拥有大量的集装箱，以利于集装箱的周转、调拨、管理以及集装箱与车船机的衔接。
经营集装箱出租业务。集装箱租赁对象主要是一些较小的运输公司、无船承运人以及少数货主。这类公司业务包括出租、回收、存放、保管以及维修等。
由于集装箱装卸效率很高，受气候影响小，船舶在港停留时间大大缩短，因而船舶航次时间缩短，船舶周转加快，航行率大大提高，船舶生产效率随之提高，从而，提高了船舶运输能力，在不增加船舶艘数的情况，可完成更多的运量，增加船公司收入，这样率导致益。
船公司对船舶和集装箱进行巨额投资。根据有关资料表明，集装箱船每立方英尺的造价约为普通货船的3.7~4倍。集装箱的投资相当大，开展集装箱运输所需的高额投资，使得船公司的总成本中固定成本占有相当大的比例，高达三分之二以上。
集装箱运输涉及面广、环节多、影响大，是一个复杂的运输系统工程。集装箱运输系统包括海运、陆运、空运、港口、货运站以及与集装箱运输有关的海关、商检、船舶代理公司、货运代理公司等单位和部门。如果互相配合不当，就会影响整个运输系统功能的发挥，如果某一环节失误，必将影响全局，甚至导致运输生产停顿和中断。因此，要求搞好整个运输系统各环节、各部门之间的高度协作。
由于国际集装箱运输与多式联运是一个资金密集、技术密集及管理要求很高的行业，是一个复杂的运输系统工程，这就要求管理人员、技术人员、业务人员等具有较高的素质，才能胜任工作，才能充分发挥国际集装箱运输的性。
集装箱的适箱贷源，根据国家《关于发展我国集装箱运输若干问题的规定》中规定的适箱货为12个品类，即交电、仪器、小型机械'玻璃陶瓷、工艺品；印刷品及纸张、医药、食品、日用品，化工品、针纺织品和小五金等杂货、贵重、易碎、怕湿的货物均属于集装箱运输货物、集装箱货源从运输组织上分为整箱货和拼箱货两类。整箱货是指发货人需单使用一个集装箱的货物，整箱货是由发货人负责装箱t计数并施封。拼箱货是指两个以上发货人货物拼装在一个集装箱内的货物，拼箱货的装卸作业由承运人或有关运输代理部门负责。
做好日常货源的组织工作，对于组织合理运输，充分利用现有设备能力；有着十分重要的意义日常货源组织对于货物的品种、数量、流向、时间上都有着一定的要求。对于不'同品种的货物要详细了解其尺寸、外形、重量和需要的集装箱类型及数量等；在流向上要提出货物到站、港、以便组织拼装货；在时间上按照运输作业的需要进行货源的组织工作.日常资源组织工作是一项十分重要又十分细致的工作，要产、运、销共同配合完成。
