果胶甲酯水解酶(pectin methylesterase;PE),使果胶中甲酯水解,生成果胶酸。为使果胶完全分解,需要先用PE,再用PG。在果汁澄清中,亦同时用这两种酶。灰白色粉末或中黄色液体。作用pH值3.5~4.5,作用温度40~50℃。果胶酶存在于植物和微生物中,动物细胞通常不能合成这类酶。工业上采用曲霉菌,如黑曲霉或青霉菌等生产。用于果汁加工(澄清果汁)、橘子脱囊衣以及制造浓缩果汁、果粉和低糖果冻。也可用于加强果酒的澄清效果,提高酒的收率。还可用于麻料脱胶和木材防腐等。果胶酶本质上是聚半乳糖醛酸水解酶,果胶酶水解果胶主要生成β-半乳糖醛酸,可用次碘酸钠法进行半乳醛酸的定量,从而测定果胶酶活力。
果胶酶是指能协同分解果胶质的多种酶的总称。主要含有聚甲基半乳糖醛酸分解酶（PMGL），聚半乳糖醛酸酶（PG），聚半乳糖醛酸裂解酶（PGL）和果胶酯酶（PE）。果胶酶作用于果胶中D-半乳糖醛酸残基之间的糖苷键，可以打破果胶分子，降解果胶的多糖链，生成寡聚半乳糖醛酸和少量半乳糖醛酸小分子物质，从而降低粘度，提高超滤速度，提高榨汁性能，减少榨汁时间，增强果香味，降低成本，提高果汁出汁率，减少二次沉淀，提高产品品质。
葡萄酒加工中，果胶酶可以按照目的在浸渍、发酵或储存阶段添加，起到改善酒的色泽、增加酒香和提高出汁率的作用。推荐添加量0.05-0.2L/t果浆（酶活力以3万单位计）。可直接加到物料中也可以用少量原汁稀释后加到物料中。
在饲料复合酶中，酸性果胶酶所占的添加量一般为0.03-0.06kg/t全价料(酶活力以3万单位计)。
