生态厕所（Bio-toilet）是环保厕所中的一类，是指具有不对环境造成污染，并且能充分利用各种资源，强调污染物自净和资源循环利用概念和功能的一类厕所。
对生态厕所的称谓有多种：生态环保厕所、生物厕所、微生物厕所、干式搅拌厕所等等。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。
生态厕所按其发展完善过程可分为：
代模仿型生态厕所，是在国外引进机的基础上模仿而成的，特征是粪尿直入主机，进行生物处理。
第二代改进型生态厕所, 在代的基础上，根据国情改进成型的，特征是粪尿分离，大便直入主机，进行生物处理；小便引出主机进入其它系统处理排放。
粪污资源化
粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份。
生态厕所在使用功能上与传统厕所相同，增加的净化单元不仅可以与新型厕所组成一个有机整体，而且可以用在现有厕所的改造和更新上，净化处理单元与现有厕所可以很方便地结合起来，实现现有厕所的升级换代。
