全球每年产生大量厨房废油，但由于来源分散，回收难度加大。据统计，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季节影响，难以维持可持续供应。粮食原料存在着“人争粮”、“人争地”的问题。现有油料作物不符合生长周期短、含油量高的特点。
进口原材料受天气、国际市场变化等因素影响。今年以来日益的全球粮食危机对国际生物燃料产生了直接影响。生产工艺不成熟。现有成熟工艺存在着燃料稳定性不够或润滑性差等缺点。
即所有转化过程将不可避免地导致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果炼油后的废渣，特别是炼油废油的废渣处理不当，也会造成污染，治理污染的成本终会增加到成品油的价格中。
打破生物燃料现状的途径作为一种新兴的能源生物燃料，现阶段完全取代航空煤油是不现实的。归根结底，使用哪种燃料取决于成本。因此，在技术不断突破的前提下，如何建立完善的产业，大规模降低成本，是生物燃料发展的关键。
目前，生物燃料大的问题是原材料的供应。在今年全球粮食危机的背景下，厨房废油和木本油料作物已成为重要的原材料来源。木本油料作物应尽量不占用耕地和居民点用地，应采用能适应恶劣环境的作物为原料，如耐旱、耐盐碱等环境的生物质。完善厨余油回收系统，建立厨余垃圾收集、运输、管理一体化的运营模式。
例如，为了监督废油的去向，促进废油的回收和利用，英国已迫使餐馆安装烹饪废油回收系统；荷兰废油回收由资助，降低了生物航空燃料精炼企业的高回收成本；在日本，废油由回收公司回收，并由购买。如果生物燃料要完全取代石油产品，不仅需要解决成本问题，还需要建立一个完整的生物燃料供应链。
