指纹鉴定一般情况在三十个工作日内作出，特殊情况不超过六十个工作日。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时间可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。司法鉴定机构与委托人对完成鉴定的时限另有约定的，从其约定。在鉴定过程中补充或者重新提取鉴定材料所需的时间，不计入鉴定时限。
鉴定人在鉴定过程中，可以运用物理的、化学的知识采取指纹，然后按照程序进行司法鉴定。采取到不同类型的指纹所运用的鉴定方法是存在差异的。从人的手指或皮肤上采取指纹是比较简单的。
现代科学技术给传统的刑事技术注入了新的活力，技术人员可用先 进的仪器设备和技术对现场提取的痕迹进行显现。所以，现在对于疑难指纹鉴定，程序是这样的：，技术人员对检材进行“无损检验"，即用各种光源一一自然光源、多波段光源、激光、长短波紫外光源等一一照射检材，利用不同颜色物质对光的吸收、反射率不同的现象，分辨出不同的手印;在“无损检验”无效的情况下，根据检材材料的化学特点，采取不同的物理化学检验方法，如“502”加湿熏显法、“DFO”显现法等;后，用放大镜将显现手印与嫌疑人手印进行对比，作出科学鉴定。
