认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂对其认证产品之制造、委托加工、包装标示、成分纯度或广告宣传等，如有恶意虚伪行为，或因工厂之行为对消费者造成严重伤害，经食品GMP技术确认属实者，除应自负一切法律责任外，并得由推行取消该工厂之食品GMP认证资格。
食品GMP的基本精神：
1、降低食品制造过程中人为的错误。
2、防止食品在制造过程遭受污染或品质劣变。
3、建立健全的自主性品质体系。
GMP认证的意义：
•为食品生产提供一套遵循的组合标准。
•为卫生行政部门、食品卫生监督员提供监督检查的依据。
•为建立国际食品标准提供基础。
•便于食品的国际贸易。
•使食品生产经营人员认识食品生产的特殊性，提供重要的教材，由此产生积极的工作态度，激发对食品质量高度负责的精神，消除生产上的不良习惯。
•使食品生产企业对原料、辅料、包装材料的要求更为严格。
•有助于食品生产企业采用新技术、新设备，从而食品质量。
