生物燃料的发展瓶颈尽管生物燃料已在世界各个领域得到应用，但目前还没有成为国际能源的主力军。主要原因是以下限制。原材料来源不稳定。由于多种原因，厨房废油和木本油料作物作为原料来源不稳定。
每年产生大量厨房废油，但由于来源分散，回收难度加大。据统计，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季节影响，难以维持可持续供应。粮食原料存在着“人争粮”、“人争地”的问题。现有油料作物不符合生长周期短、含油量高的特点。
目前，生物燃料用于世界各地的航空试飞。大多数生物燃料是按一定比例添加到传统航空燃料中的。虽然世界上大多数航空公司进行的飞行试验结果表明，生物燃料和传统燃料的混合可以在不改变飞机发动机结构的情况下提高飞行效率，生物燃料是否足够安全，以及它们是否会腐蚀或侵入发动机材料，但还需要进一步的讨论和验证。
即所有转化过程将不可避免地导致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果炼油后的废渣，特别是炼油废油的废渣处理不当，也会造成污染，治理污染的成本终会增加到成品油的价格中。
打破生物燃料现状的途径作为一种新兴的能源生物燃料，现阶段完全取代航空煤油是不现实的。归根结底，使用哪种燃料取决于成本。因此，在技术不断突破的前提下，如何建立完善的产业，大规模降低成本，是生物燃料发展的关键。
然而，目前微藻生物柴油的生产成本仍然很高，这是制约其商业化生产的瓶颈。除了继续开发具有优良产油性能的藻类外，还实现微藻生产的综合利用。例如，从微藻中获得高附加值产品，如DHA、类胡萝卜素和活性多糖，并将废弃海藻残渣用作水产养殖的诱饵。
闪点（指示易燃液体性质的指标之一）低于28.1°C的为I类易燃液体，非常易燃且易挥发，如汽油；闪点为28.145°C的II类易燃液体容易燃烧和挥发，如煤油、松节油等。什么是闪点？什么是燃点？闪点是指在规定的条件下，液体挥发出的蒸汽与空气形成混合物，在有点火源的情况下，液体能够闪现的低温度。
特别是，餐饮业对厨房的绿色、环保和安全燃料的需求日益增长。植物油燃料无疑是新型厨房燃料的代表。除了不能点燃且安全环保的植物油燃料外，还有谁？植物油燃料该技术是近年来发展起来的绿色环保燃料技术。
因为它是一种植物油燃料，不含甲醇，所以对甲醇。此外，植物油燃料是一种安全性很好的液体燃料。植物油燃料可通过管道运输或储存在普通塑料桶中，不会发生爆炸。使用时，植物油燃料燃烧无残渣、黑烟和积碳。
