认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
认证工厂对其认证产品之制造、委托加工、包装标示、成分纯度或广告宣传等，如有恶意虚伪行为，或因工厂之行为对消费者造成严重伤害，经食品GMP技术确认属实者，除应自负一切法律责任外，并得由推行取消该工厂之食品GMP认证资格。
认证工厂经认证执行机构报请推行取消工厂或产品之认证资格及认证标志使用权后，若仍继续使用时，应由认证执行机构确认后报请推行透过大众传播媒体公布布厂商名称，并由推行函请相关主管机关依法办理。
GMP的推行不仅是食品生产企业对人民饮食安全高度负责精神的具体体现，是企业的重要象征，也是企业和产品竞争力的重要，是与国际标准接轨，使产品进入国际市场的先决条件。因此可以说，实施GMP标准是食品生产企业生存和发展的基础，通过GMP认证是产品通向世界的"准入证"。
GMP的中心指导思想是：食品质量是在生产过程中形成的，而不是检验出来的。因此强调预防为主，在生产过程中建立质量体系，实行全面质量，确保食品质量。
