使用数量相对来说比较少的工厂，因为废料不是很多，所以一般没有特别谁负责，通常都是负责操作的人自己处理，有些人不太愿意处理的，就打包好以后丢仓库里，这样时间长了不但占用仓库，还有一定的安全隐患，因为钯碳在太干燥的情况下容易自燃。
近几年钯碳回收行业开始兴起，钯碳回收不仅节约资源浪费，更对环境有了很大的保护。将钯碳溶于乙醇负压抽入高压釜或者倒入高压釜，然后再加乙醇洗涤容器，再投入釜中，反应结束后物料经过滤器回收钯碳，反应釜可用反应溶剂洗涤，经过滤器回收废钯碳。钯碳回收价格也是不确定的，看好坏了，要是质量好的话，钯碳的价格固然就好。
用铁桶作为催化剂外包装，内衬塑料袋，在出厂时均为湿态，防止因吸附氧气而发生自燃；催化剂储存时应放在阴凉处，防雨防尘；在装填时采取水沉法，避免与器具撞击，催化剂颗粒借助布袋的缓冲力和水的浮力慢慢下沉，减少机械磨损；在用去离子水反复冲洗时应避免水流过急，防止水流对催化剂造成冲击。催化剂在使用过程中，由于存在烧结、中毒、结垢、覆盖和冲刷等现象，钯碳催化剂床层不同部位的催化剂利用率不同。因此可利用装置检修的机会，对催化剂的位置进行更新，以提高催化剂的利用率。
