堆肥发酵反应器是一种集原料收集、存贮及发酵功能为一体的好氧发酵装置，适用于对环境要求较高的养殖场、园林废弃物处理厂、厨余垃圾处理厂、城市污泥及垃圾处理厂、豆粕、木薯渣及米糠等好氧发酵饲料加工厂等对畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥等进行高温好氧发酵。结构紧凑，占地面积小，无需建设厂房，自动化程度高，节能环保。原料发酵后的成品从下方的出料口卸出，用做农业肥料、土壤改良、园林绿化等。
目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
微生物菌肥集生物菌、中草药、矿物质三效合一，从二十余味中草药及海藻中发酵出的多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等生物活性成分，为作物补充高能量物质及功能性物质，能够开启并促进植物次生代谢。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能
