生态厕所（Bio-toilet）是环保厕所中的一类，是指具有不对环境造成污染，并且能充分利用各种资源，强调污染物自净和资源循环利用概念和功能的一类厕所。
目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。
对生态厕所的称谓有多种：生态环保厕所、生物厕所、微生物厕所、干式搅拌厕所等等。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。
生态厕所按其发展完善过程可分为：
代模仿型生态厕所，是在国外引进机的基础上模仿而成的，特征是粪尿直入主机，进行生物处理。
生态厕所不仅可以建成固定式的结构。另外由于其配套处理设施小巧，对外界的依赖除电力外，几乎没有，因此具有可移动的特点，是移动型和临时性厕所的。
普通公厕无采暖设备，冬季室温降到零度以下，不仅给上厕的人带来困难，也使厕内管道设备经常冻坏，维修量增大。
