纳米膜好氧堆肥发酵系统装置覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度，指标见表5。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。若需要进一步提高堆肥产物的腐熟度，可将堆体移出覆膜发酵区继续堆置15d～30d，中间翻堆1~2次。二次发酵也叫陈化或后腐熟，过程包括降温期。
纳米膜好氧堆肥发酵系统装置覆膜发酵过程可选用参数控制、节点控制等控制方式，参数控制方式宜选择温度-氧气浓度联动控制，节点控制方式可选择时间节点控制、温度节点控制以及时间-温度节点联动控制。
随着纳米膜好氧堆肥发酵系统装置中堆肥发酵含水率逐渐下降，到覆膜发酵结束时含水率应在35%~45%。发酵过程中，应进行氧气浓度的测定。通过强制通风使堆体内氧气浓度保持在8%以上，宜控制在10%~15%。跟踪耗氧速率，及时调整通风量，标准状态下的风量宜为0.05Nm3~0.20Nm3/min·m3;风压可按堆层物料每增加1m，风压增加1.0KPa~1.5KPa选取。通风次数和时间应发酵在适宜条件下进行。注：发酵初期，通风量以膜鼓起且膜可压住为主，但后期以长时间通风去水为主。
