生态厕所（Bio-toilet）是环保厕所中的一类，是指具有不对环境造成污染，并且能充分利用各种资源，强调污染物自净和资源循环利用概念和功能的一类厕所。
目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。
对生态厕所的称谓有多种：生态环保厕所、生物厕所、微生物厕所、干式搅拌厕所等等。能达到零排放的功能，对环境完全不造成任何污染。
生态厕所按其发展完善过程可分为：
代模仿型生态厕所，是在国外引进机的基础上模仿而成的，特征是粪尿直入主机，进行生物处理。
粪污无害化
粪尿中含有大量的有机物、恶臭及致病微生物，通过环境工程等手段，使这些污染物得到妥善处理，终将粪污无害化，在达到环境许可的条件后，排入周围环境，不对环境造成破坏。
粪污资源化
粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份。
