财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。 代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账机构执业质量不乐观。会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。
代理记账业务收费标准混乱。在收费标准上，各家代理记账机构悬殊较大，有些代理记账机构甚至通过进行恶意竞争，还有部分代理记账机构自身的经营收入核算不规范，隐匿收入现象也较普遍。
