目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
建立人工费用控制制度 员工的录用、辞退应经过研究开发项目相关负责人批准，并编制研发人员名册，准确核算人员费用。研究开发项目管理部门统计工时，负责工资计算的部门依据研究开发项目管理部门统计的工时和规定的工资标准制作工资表。研发人员的工资表经过研究开发项目有关负责人签署后报财务部门发放工资，财务部门依据各研究开发项目的工时统计计算各项目的工用。
建立材料、工装准备控制制度 财务部门在每月的月底处理完所有的研究开发项目的领料单、出库单。财务部门和研发部门每月核对领料情况，财务部门作为研发费用记账依据的原材料领用单经过研发部门有关负责人签署。财务部门依据各研究开发项目的工装准备费用单据计算各项目的工装准备费用。
关于长期资产摊销 研发活动所需的长期资产的购置经过研究开发项目相关负责人批准。摊销的会计政策经过申报企业的董事会批准，会计部门执行经过批准的会计政策。长期资产摊销费用在不同研究开发项目之间按照机器工时或其他合理标准分配，各研究开发项目的机器工时或其他标准统计单据须经过研发部门相关负责人签署。
至于申报中需要多少个，说法不一。 总结有两种声音： 种：1个发明或5个实用新型 ； 第二种：15-18个。 认为只需要1个发明或5个实用新型即可申报高企的机构：让客户一下子申报十多个，就是在坑钱。 认为需要15-18个的机构：只拥有1个发明或5个实用新型就去申报，是对政策条件的肤浅认识，是在让客户冒险，看似给客户省钱，实际得不偿失。
说明：我委从未委托任何单位或个人为申请单位代理申请事宜，请申请单位自主申报。我委将严格按照有关标准和程序受理，不收取任何费用。如有任何中介机构和个人假借我委和工作人员名义向申报单位收取费用的，请知情者即向我委举报。 备注： 1．知识产权相关材料：知识产权授权证书或授权通知书及缴费收据；国家知识产权局等上公布的摘要，通过转让、受赠、并购取得的知识产权需提供相关主管机关出具的变更等材料。知识产权有多个权属人时，应提交只有一个权属人在申请时使用的承诺书； 2．科研项目立项：已验收或结题项目需附验收或结题报告； 3．科技成果转化：总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明。成果来源可从、技术诀窍、项目立项等方面提供材料；转化结果可从生产批文、新产品或新技术推广应用、产品质量检验报告等方面提供材料； 4．研究开发的组织管理：研发组织管理制度、研发投入核算体系、研发费用账；研发机构建设及设备设施、开展产学研合作活动；成果转化的组织实施与激励奖励制度、创新创业平台建立情况；科技人员的培养进修、职工技能培训、人才引进，及人才绩效评价奖励制度等材料。
