生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来历并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。和化肥比较，生物有机肥营养元素完全，具有改善土壤、进步产品品质、改善作物根际微生物群、进步植物的抗病虫才能、进步化肥使用率等特色，深受喜欢。
堆肥发酵反应器是一种集原料收集、存贮及发酵功能为一体的好氧发酵装置，适用于对环境要求较高的养殖场、园林废弃物处理厂、厨余垃圾处理厂、城市污泥及垃圾处理厂、豆粕、木薯渣及米糠等好氧发酵饲料加工厂等对畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥等进行高温好氧发酵。结构紧凑，占地面积小，无需建设厂房，自动化程度高，节能环保。原料发酵后的成品从下方的出料口卸出，用做农业肥料、土壤改良、园林绿化等。
目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
目前，化肥被大量施用以保持农林业高产。但是，随着化肥用量不断增加，土壤开始板结，化肥淋入地下水也将造成水污染。近年来，我国提倡有机农业，大量应用有机肥，达到保持作物产量的同时，保护土地和环境。畜禽粪便是有机肥重要来源，2016年我国仅养殖肉牛产生的牛粪就达到15万吨以上，为我国有机肥生产提供了充足的原料。另外，我国小麦历年种植面积为我耕种地总面积的22％～30％，产生大量小麦秸秆，秸秆为养殖业提供饲料，也为有机肥生产提供了丰富原料。但是，丰富的原料只是生产的基础，重要的是对这些原料的加工利用。其中关键的是有机肥原料的发酵腐熟技术不断发展与创新。
微生物菌的用量，目的是为了防治根结线虫及其它病害，微生物用量加大了，可大大减少其它药剂的用量，还可以改良土壤，为作物提供好的微生态环境，促进生根，增强作物长势，提质增产。中草药制剂青枯立克具有结合的，含有的小檗碱、皂苷素类物质可以直接杀死病原菌，含有的多糖、多肽等高能量物质可以为其补充营养物质，增强作物抗逆性，防病治病的同时，营养复壮作物，标本兼治。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
