芽孢杆菌有很好的絮凝作用,且复合芽孢菌株比单株芽孢杆菌的絮凝效果好。
这种絮凝作用可以将水体中的有机碎屑互相粘连在一起,构成菌胶团,担负氧化分解的任务,将有机物结合成絮状,使重金属离子、P元素沉淀,水体净化。
水产芽孢杆菌产生的抗菌物质能防治多种植物病害，净化养殖水体环境；产生的氯基氧化酶等，可降低血液及水体中氮氦、亚硝酸盐、硫化氢的浓度；产生的抗菌物质具有广谱杀菌活性，对与食品有关的多种革兰氏阴性菌和阳性菌均有较强的杀菌作用，且一般具有良好的热稳定性，可用于防止巴氏杀菌后的再污染，还可用于防止热加工食品过程中其他细菌的污染，及食品发酵过程中的杂菌污染。
枯草芽孢杆菌在水产上主要有三方面的用途
1、净化水质。枯草芽孢杆菌可以降低水体中的硝酸盐、亚硝酸盐的含量，分解养殖池中有毒有害物质，净化水质；分解池中残饵、粪便、有机物等，具有很强的清理水中垃圾小颗粒的作用；
2、抑制、杀灭致病菌。在水体或者饲料中添加枯草芽孢杆菌制剂，可以有效抑制或杀灭水体中、养殖生物体内的某些有害致病菌，并且能增强有益菌的菌群，而达到防治水产疾病的目的。芽孢杆菌还可以防止饲料发霉，防止饲料发霉产生黄曲霉毒素；
3、提高饲料转化率。枯草芽孢杆菌可产生多种酶类，饲料中添加枯草芽孢杆菌可以提高鱼虾类消化酶活性，对鱼虾肠道内营养物质消化吸收、饲料利用率有直接促进作用，饲料转化率提高可达8%以上，促进鱼虾生长。
