目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
生物菌肥的应用范围广泛，可以用于农田、果园、花卉、蔬菜等各类植物的生产中。它能够改善土壤质量，提高作物产量和品质，降低化肥使用量，减少农业对环境的负面影响。同时，生物菌肥还可以用于土壤修复和废弃物处理等领域，具有很高的应用前景和市场潜力。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
