高新技术企业认定部门一般是科技部、财政部、税务总局负责全国高新技术企业认定工作的指导、管理和监督。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构。认定机构下设办公室，由省级、计划单列市科技、财政、税务部门相关人员组成，办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
认定好处：
1、凡经认定的，企业所得税税率由原来的25%降为15%，相当于在原来基础上降低了40%(详见08年1月起实行的《企业所得税法》二十八条)，连续三年，三年期满之后可以申请复审，复审通过继续享受三年税收优惠。(如年纳税100万，申报通过当年，即可享受减免40万的优惠，三年就可减免120万税收，六年则减免240万);
2、经认定的可凭批准文件和《认定证书》办理享受国家、省、市有关优惠政策，更容易获得国家、省、市各级的科研经费支持和;称号将会是众多政策性如资金扶持等的一个基本门槛。
3、的认定，将有效地提高企业的科技研发管理水平，重视科技研发，提高企业核心竞争力，能为企业在市场竞争中提供有力的，地提升企业形象，无论是广告宣传还是产品招投标工程，都将有非常大的帮助。
4、不仅能减免企业所得税，无论对于何种企业都是一个难得的的认证，对依靠科技立身的企业更是不可或缺的硬招牌，其影响力仅次于中国产品、产品。
目前来看，高新技术服务费有两种主要模式
一、固定金额
即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。
二、比例提佣
即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
