覆膜发酵也叫一次发酵，过程包括升温期、高温期、降温期。堆肥过程中，通过鼻闻判断堆肥发酵进行情况，若产生酸、臭等过度刺鼻气味，需及时调整含水量，使其发酵良好。
启动设备；温度、氧气浓度等传感器插入堆体中，连接控制系统。根据设备使用要求，启动堆肥机。若膜无法鼓起，需要查找相应原因，若膜鼓起时间较长，需通风20~24h。
过程控制
利用堆肥设备调控堆肥参数，过程控制参数包括通风、温度以及氧气浓度。
1.温度控制。发酵过程中，测定堆层温度的变化情况。堆体发酵温度应控制在55℃~70℃，当堆体温度超过75℃时，应进行翻堆或强制通风；堆层各测温度均应保持在55℃以上，且持续时间不得少于7d，发酵温度不宜大于75℃，而且在65℃~70℃的高温期维持3d以上。覆膜发酵周期内，堆肥温度达到60℃以上，保持7d~10d可翻堆1次。翻堆时需均匀，应尽量将底层物料翻入堆体中上部，以便充分腐熟。注:在堆肥发酵第10天建议翻堆1次，提高发酵效果，收益。
2.水分控制。随着堆肥发酵含水率逐渐下降，到覆膜发酵结束时含水率应在35%~45%。
3.氧气浓度控制。发酵过程中，应进行氧气浓度的测定。通过强制通风使堆体内氧气浓度保持在8%以上，宜控制在10%~15%。跟踪耗氧速率，及时调整通风量，标准状态下的风量宜为0.05Nm3~0.20Nm3/min·m3；风压可按堆层物料每增加1m，风压增加1.0KPa~1.5KPa选取。通风次数和时间应发酵在适宜条件下进行。注：发酵初期，通风量以膜鼓起且膜可压住为主，但后期以长时间通风去水为主。
4.控制方式
覆膜发酵过程可选用参数控制、节点控制等控制方式，参数控制方式宜选择温度-氧气浓度联动控制，节点控制方式可选择时间节点控制、温度节点控制以及时间-温度节点联动控制。
5.去膜
覆膜发酵周期一般应大于20d，判断腐熟度。终止覆膜发酵时，发酵物料不再升温，去膜，堆体无臭味、颜色为灰色、灰褐色或黑色。
后处理及利用
将生产出的腐熟堆肥散装或装袋存放于防雨地方待售。制得的腐熟堆肥可进行粉碎、筛分、深加工等处理。经过纳米膜好氧发酵获得的腐熟堆肥可直接还田利用，应符合GB/T 25246的规定。生产商品有机肥料的，应符合NY 525的规定。生产生物有机肥的，应符合NY 884的规定。生产有机-无机复混肥的，应符合GB/T 18877的规定。
