冷藏集装箱制冷装置运行过程中，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度、货物温度、通风装置的新风量和货物湿度。制冷装置会定期进入除霜状态，一系列电加热装置会产生热量或向蒸发器盘管内吹入热空气。此时所有风扇将停止旋转，以防止热空气进入货舱。但是，由于回风温度传感器位于制冷机组附近，因此可能会记录温度升高。因此，除非经过数据记录软件处理，否则温度记录会显示与除霜间隔一致的周期性温升。如果除霜时间很短，每小时的温度读数和除霜时间可能会有一些差异。
冷冻集装箱是一具有良好隔热、气密，且能维持一定低温要求，适用于各类易腐食品的运送、贮存的集装箱。
冷冻集装箱一般在箱的前端部设有内藏式冷冻装置。在冷冻机工作时，冷风从箱内后端的通风管吹出通过箱壁上凸条间的空隙和箱底的通风导轨，经前端壁上的冷风吸，返回冷冻机进行回圈。为了提高冷却效果，整个冷冻集装箱的箱壁、箱顶和箱底内部都铺有绝缘材料。
根据客户设备及使用环境要求，还可对特种集装箱内部进行30-200mm的保温措施及取暖、制冷设备，满足环境在高低温变化时，箱体内部处于恒定温度，满足内部设备正常运行，根据保温效果及防火性能，可以分为A防火及B及阻燃，现在市面大多使用岩棉净化板、硅盐净化板、船舱板等作为内部保温结构，也有办公用房屋采用岩棉、玻璃棉、硅盐等保温加环保装饰板制作，由于泡沫板防火等级不足，不建议使用。
冷藏集装箱超期箱的清理及措施：超期箱的存在将增加船公司的经营成本，降低资源有效利用率。因此船公司加强超期箱的管理，定期清理超期箱。船公司通常都有自己的集装箱跟踪系统，通过该系统可以查出目前本公司所有集装箱的动态，从而可以查出超过期限的超期箱的详细情况。通常船公司须每周清理一次超期箱，根据集装箱跟踪系统编制的超期箱清单逐一核查集装箱超期的原因，然后同有关方联系敦促其将超期箱尽快出运。
为了解决集装箱进出口不平衡的问题，船公司通常要向出口大于进口的地区调拨大量空箱。由于空箱的调拨要增加大量调拨成本，船公司在空箱调拨进口至空箱装货出口的过程中更应加强集装箱管理，避免超期箱的出现。在集装箱运输中空箱由进口到出口的整个流程可以归结如下：
冷藏集装箱船舶进港→空箱卸船→码头堆存→集装箱车队拖箱→空箱进堆场→发货人提箱→装箱→重箱进港区→装船。
