农业有机废弃物包括农业生产产生的各类农作物秸秆，以及畜禽养殖产生的畜禽粪便等，处理难度较大，是环境治理的难题。将农业有机废弃物畜禽粪便、秸杆等作为可利用的资源进行好氧发酵 ，不仅可以解决农业生产废物对环境的污染问题，同时生产出来的有机肥可以带来收益，实现了废弃物的无害化、减量化、资源化，符合我国对环境保护和资源可持续利用的政策方针。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
