目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
认定程序如下： （一）企业申请 企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料： 1. 认定申请书； 2. 企业依法成立的相关注册登记； 3. 知识产权相关材料、科研项目立项、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料； 4. 企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料； 5. 企业职工和科技人员情况说明材料； 6. 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料； 7. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）； 8. 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。 （二）评审 认定机构应在符合评审要求的中，随机抽取组成组。组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。 （三）审查认定 认定机构结合组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报小组办公室。认定企业由小组办公室在“认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。 第十三条 企业获得后，应每年5月底前在“认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。 第十四条 对于涉密企业，按照国家有关保密工作规定，在确保涉密信息安全的前提下，按认定工作程序组织认定。
建立材料、工装准备控制制度 财务部门在每月的月底处理完所有的研究开发项目的领料单、出库单。财务部门和研发部门每月核对领料情况，财务部门作为研发费用记账依据的原材料领用单经过研发部门有关负责人签署。财务部门依据各研究开发项目的工装准备费用单据计算各项目的工装准备费用。
建立外包制度 所有研发活动的外包合同经过研究开发项目负责人签署。财务部门依据经过签署的研发活动外包合同和对方提供的有效付款凭证，以及表明经过研究开发项目负责人签署的外包研发活动进展情况的验收确认单据付款，会计人员核对合同和付款单据后记账。研发机构对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出在费用单据上进行标注，并经相关负责人审批。财务部门对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出分别设立账户核算。所有的外包支付申请说明外包所属的研究开发项目名称、项目编号。财务部门依据研究开发项目名称、项目编号将外包费用计入相应的研究开发项目。
认定申请应提交的材料主要包括几个部分： 1.认定申请书； 2. 企业营业执照副本、税务登记证（复印件）； 3. 知识产权证书（占许可合同）、生产批文，新产品或新技术（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项，以及其他相关材料； 4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明； 5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限），并附研究开发活动说明材料； 6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及技术性收入的情况表。 以上材料仅供参考，具体请以实际申请要求为准。 申请要点 1、6个软件著作权或6个实用新型或1个发明。 2、企业需要提供三年内的12份销售合同。 3、企业需要提供近三年内，每年的年度审计报告。近三年的研发费用专项审计报告，高新收入专项审计报告。 4、提供公司人员名单及对应的研发人员、科技人员、人员名单，并提供相应人员的明复印件、劳务合同（岗位及支撑，没有就调整）、明复印件。 5、由技术人员配合调整技术材料，完善立项报告、研发文档等。
国家优惠政策和好处： 1、国家可预计获得深圳各区15万—35万的资金奖励：南山区、宝安区15万；福田区、龙岗区、大鹏新区25万；罗湖区、龙华区、坪山区、盐田区、光明新区35万； 2、可享受国家税收优惠政策、企业所得税减免10%，降幅40%； 3、企业可在此基础上申请其它项目资助，可享受贴息和展会补贴等各项优惠政策。 4、国家资质是金字招牌和无形资产，赢得更多客户合作机会，更多融资并购机会。 国家认定的领域： 一、电子信息 二、生物与新医药 三、航空航天 四、新材料 五、高技术服务 六、新能源及节能 七、资源与环境 八、制造与自动化
