当海关报关系统接收到后会交由审单中心负责处理深圳各个口岸传输的报关数据，目前出口商品绝大多数是由电脑自动审单，只要发送到审单中心，就会自动通过，报关公司在发送前严格审核所申报的资料与客户提供的内容完全一致。审核通过后，打印出口报关单后，连同报关资料(核销单、合同、发票等)，报关员签字、报关公司盖章，向现场海关递单。递单给综合科，综合科在电脑里确认接单，需要征税的货物转给税费组，一般货物转交给风险管理科，风险管理科认为需要查验的货物进行电脑布控，不要查验的货物直接放行，转交给放行组加盖海关印章后出单给报关行。
当深圳进出口报关货柜进入码头堆场后，码头电脑会纪录此货柜的进场时间、柜号、封条号、堆场位置等信息，并通过与海关电脑联网受到海关电脑的监控。此时才可以正式向海关申报出口。由深圳进出口报关公司通过联网电脑向船代根据客户提供资料输入要报关的船名、航次、柜号、订舱号、出口单位名称、收货人名称、货物名称、件数、毛重等资料。船代收到资料并审核通过后会自动向海关电脑传输资料。(只有个别驳船公司需要船代公司负责审核上述内容，防止爆舱情况，一般船代在这里是不会每份具体审核的)。海关电脑收到资料后也会自动通过，因此所有上述资料是由深圳进出口报关公司根据客户提供的内容并且负责审核的。
海关报关申报，深圳进出口报关要获得申报资格，要求需要是海关已经审核注册的报关单位、代理报关公司或处理报关和报关员 进出口货品运输工具申报需在进出境日14天内，超时申报会加征收滞报金 其金额征收标准为进出口商品到岸价格的万分之5 另外装货24小时前要向海关申报，申报地址为进出境地、围着地、地点。
深圳进出口报关要经过抽样检验，由进出口商检部门派人主持进行，按照不一样的货物状况，随机抽取样品检验 相关报验员需提供存货具体地址，且配合抽样动作 检验部门可以采用感官、化学分析、仪器分析等多种技术手段，对出口货物进行自检、联检、工厂检验、原产地检验等形式查检。
所谓深圳进出口间接报关是相对直接报关而言的，指企业接受相关报关企业委托之后，进行报关申请操作时，并未打出报关企业的名号，反而以自身名义向海关做出的相应的报关申请操作，这种形式我们称之为间接报关。其中直接报关和间接报关的相同之处就是都是接受了有相关报关需求的报关企业的委托申请，不同的是，直接报关中接受委托的企业在进行报关操作时，使用的是有报关需求的企业名号，间接报关使用的是企业的自身的名号。
所谓的深圳进出口报关指的就是进出口商根据相关要求向海关提出申报，针对自己进出口商品的相关要求作出相关详细的介绍，并提交相关的单据证件，然后海关以此作为审查参考依据，对进出口产生的规格、质量、内容等基本信息作出相应的审查，如果符合审查标准的话，海关就会作出相应的放行工作。值得一提的是，很多企业在进行海关申报的时候，可能并不是由进出口商家亲自做出的，他们可以根据实际情况选择合适的报关方式。
