微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体 嘁畸变，甚至断裂。
杀菌机是啤酒包装生产线上的关键主机之一，其主要任务是杀死残存于酒液中的酵母菌和其它杂菌，啤酒的生物稳定性，使之有利于长期保存。通常以PU值(即巴斯德灭菌单位，凡在60°C经历1分钟所引起的灭菌效应为1个PU值)的多少来表示杀菌的深度。不足或过度将分别对啤酒的保质期和风味产生影响，因此将PU值控制在一定的范围内是杀菌机的主要技术指标。该系统将PU值与喷淋水温度、运行时间等参数联系在一起，操作者只需输入所需要的PU值，计算机将自动地控制各温区的喷淋水温度并显示杀菌机内每一排啤酒所达到的PU值。此外，本系统还具备停机自动选择参数功能，随着停机时间的长短，自动调节各温区的温度，以PU值控制在一定范围内。同时本系统还有工作状态监视、故障诊断和管理等功能，是一种智能化的“傻瓜”控制系统。
本系统是电—气混合型温度自动控制系统，由温度一次传感元件(铂热电阻Pt100)、一体化温度变送器、下位机(可编程序控制器)、上位机、电磁阀、气动薄膜阀、打印机、压缩空气过滤减压阀、压力变送器、气路等组成。
在可编程控制器内，各温区输出信号与水泵联动，即只有当水泵工作，继电器闭合时，气动薄膜阀才能执行自动调节，否则，调节阀将自动关闭。此外，对杀菌恒温区和高温区而言，若生产线上的某一环节发生故障，输瓶机构停止工作，系统将根据停机时间的长短自动调节温度设定值，确保杀菌质量。
一般罐头食品厂对罐头作常压水煮加热杀菌处理时都采用本形式的卧式杀菌锅，本设备通过引入压缩空气可实现反压杀菌。如冷却需在锅内进行，须用水泵打入锅顶部的喷水管（或采用水循环系统）。
在杀菌时，由于加热使罐头温度升高，罐头内压力会超过罐外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时玻璃瓶罐内增压而跳盖，对马口铁罐两端面凸出，施加反压力，特别是对需要较高杀菌温度的肉类罐头更就如此。
