通常情况下，医院污水需要集中收集，经医院内部的医疗污水处理系统处理消毒后，流入城市污水管网，再经污水处理厂处理后可作为终水排放。其中，医疗污水处理的过程包括网格处理(剥离颗粒较大的杂物，如石块、塑料袋等。)、生化处理(好氧部分)和厌氧处理(厌氧部分，好氧和厌氧过程均可达到有效杀菌)，之后进行24小时沉淀处理，加药消毒(此阶段一般使用活性氧消毒粉)，从而监测COD、BOD等相关指标的达标情况。另外，在集中处理之前，医疗污水是通过的管道收集的，这个过程一般是封闭的。
医疗污水处理工艺选择的原则：
a、传染病医院采用二级处理，并需进行预消毒处理。
b、处理出水排入自然水体的县及县以上医院采用二级处理。
c、处理出水排入城市下水道的综合医院推荐采用二级处理，对采用处理工艺的加强处理效果。
d、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
实验室废水处理的优势：
(1)处理系统易管理，稳定可靠，系统出水稳定在国标标准以内；
(2)自动化程度高，节省人工成本；
(3)结合污水量大小，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用；
(4)根据场地灵活选用设备类型，可地埋，节省场地且可绿化；
(5)能够处理生活系统综合性废水及其相类似的有机污水；
(6)采用玻璃钢、碳钢防腐、不锈钢结构，具有耐腐蚀、等优良特性，使用寿命长达20年以上。
