健全内部控制制度 确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
建立外包制度 所有研发活动的外包合同经过研究开发项目负责人签署。财务部门依据经过签署的研发活动外包合同和对方提供的有效付款凭证，以及表明经过研究开发项目负责人签署的外包研发活动进展情况的验收确认单据付款，会计人员核对合同和付款单据后记账。研发机构对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出在费用单据上进行标注，并经相关负责人审批。财务部门对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出分别设立账户核算。所有的外包支付申请说明外包所属的研究开发项目名称、项目编号。财务部门依据研究开发项目名称、项目编号将外包费用计入相应的研究开发项目。
认定申请应提交的材料主要包括几个部分： 1.认定申请书； 2. 企业营业执照副本、税务登记证（复印件）； 3. 知识产权证书（占许可合同）、生产批文，新产品或新技术（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项，以及其他相关材料； 4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明； 5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限），并附研究开发活动说明材料； 6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及技术性收入的情况表。 以上材料仅供参考，具体请以实际申请要求为准。 申请要点 1、6个软件著作权或6个实用新型或1个发明。 2、企业需要提供三年内的12份销售合同。 3、企业需要提供近三年内，每年的年度审计报告。近三年的研发费用专项审计报告，高新收入专项审计报告。 4、提供公司人员名单及对应的研发人员、科技人员、人员名单，并提供相应人员的明复印件、劳务合同（岗位及支撑，没有就调整）、明复印件。 5、由技术人员配合调整技术材料，完善立项报告、研发文档等。
