防污涂料的作用原理就是涂覆在船底的防污涂料涂层释放出毒素，在靠近船底的水下形成薄薄一层有毒的水区，起到驱赶幼虫和孢子，不让其附着和“定居”生长在船壳表面的效果。防污涂料所用的毒素，称作防污颜料，主要有氧化亚铜和有机锡树脂。氧化亚铜是防污涂料中应用广泛的毒素。它对动物类和植物类海生物都有防污效果，可用作防污涂料配方中的防污颜料。经验表明：氧化亚铜在船停泊时对海藻类的防污能力稍差一些。氧化亚铜作为防污颜料已经沿用了几十年，也是目前防污涂料正在使用的主要毒料品种。
自抛光防污涂料分为有机锡和无锡自抛光防污涂料2大类型。有机锡自抛光防污涂料的特点是对各类海洋生物都有非常有效的防污作用，而且功效持久，可以达到5年以上的预期防污寿命期限。但鉴于有机锡自抛光防污涂料对于海洋生态环境存在严重破坏性。国际海事组织IMO早已明文规定终止使用含TBIT的防污涂料，其下属机构海洋环境保护(MEPC)，也已修订了相应的实施细则。
防污漆要与防锈底漆配套良好，如是接触型防污漆要求使用防锈性强的底漆配套，如环氧沥青配套体系。故要注意涂装间隔，一般为24h，短可为14h，长不要超过1天
