冷藏集装箱在制冷过程中经常会出现一些故障，导致这些故障的原因很多，比如如果冷藏集装箱正在运行的时候，发现设定的温度和人工在实测的温度相同，但是冷藏箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探头坏了。还有其他故障的原因，但是不管是什么原因都要做好检查和维修的准备。
二手冷藏集装箱租赁是指二手集装箱租赁公司与承租人，一般为海运班司，铁路、公路运输公司等，签订协议，用长期或短期的方式把二手集装箱租赁给承租人的一种租赁方式。在协议执行期间，箱体由承租人管理使用，承租人负责对箱体进行维修保养，确保避免灭失。协议期满后，承租人将箱子还至租箱公司堆场。堆场对损坏的箱体按协议中规定的技术标准修复，修理费用由承租人承担。承租人按照协议向租箱公司承付提还箱费及租金。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
