高企申报准备环节：
1、知识产权(专利申请或是软件著作权申请或是技术诀窍等)，通常生产型企业需要准备专利，现阶段专利授权周期时间相当短为7个月，软件著作权授权周期时间为45天；
2、项目编写，时间段与知识产权准备期重叠，不另算时间；
3、财务审计报告：在企业对研发费用归集实现的情况下相当快一星期出审计报告。
高企申报材料核算审查认定环节：
1、组织审查与认定：
1)认定机构接到企业申报材料后，按技术领域从组中随机抽取不少于5名相关的，并将电子类材料(隐去企业身份信息)通过网络工作系统分发送给选定人员；
2)认定机构接到的评价意见和建议和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见和建议，并确认高新技术企业认定名单；
以上工作应在接到企业申报材料后60个工作日之内实现；
2、公示及授予证书：经认定的高新技术企业，在"高新技术企业认定管理工作网"上公示15个工作日；
公示情况属实的，填好高新技术企业认定机构审批备案汇总表，报领导组办公室备案后，在"高新技术企业认定管理工作网"上公告认定结果，并由认定机构授予"高新技术企业证书"(盖上科技、财政、税务部门公章)；
总的来说，高企申报的整体流程从准备环节开始到公示通过需要少约9-10个月；核算申报材料后等待的时间为75个工作日左右。
研发费用直接投入核算2.1核算难点 《工作指引》中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际发生的研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目，直接投入的认定和分配缺乏可靠的依据。
此外，很多申报企业特别是中小型企业以前年度并没有立设置研发费用科目，发生的研发费分别记载于不同的会计科目，如实验车间成本、管理费用、其他业务支出、在建工程、专项应付款等，而不同会计科目之间又不存在对申报明细表而言的勾稽关系。因此，申报企业将非研发材料成本计入研发直接投入中的人为操作空间很大。2.2应对措施a.总量领用的合理性判断； b.研究开发材料领用的月均波动情况是否合理； c.领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部工作。如：聘请行业，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价； d.对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如：电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
