为了防止洁净布草再次被污染，很多的客户选择了卫生隔离式洗脱机，这种洗衣机将污染布草的入仓和洁净布草的出仓做了空间上的分离，洁净布草不再进入污染区，大大降低了再次被污染的可能性。
使用卫生隔离式洗脱机，要建立一个卫生隔离式洗衣房。卫生隔离式洗衣房与普通洗衣房为显著的不同是整个洗衣房严格划分为洁净区和脏污区。在设计要求上，需要将洁净区、人员净化、物料净化和其他辅助用房进行分区布置。同时应考虑生产操作、工艺设备安装和维修、气流组织形式、管线布置以及净化空气调节系统等各种技术设施的综合协调结果。
为了真正符合cGMP洁净区的需求，洗衣房的设计也需要满足洁净区的要求，同时也需要考虑到洗涤流程涉及到的每一个步骤都符合从污染重到洁净的处理原则。例如，隔离式洗涤的设计中，从低的洁净区域将洁净织物装载入洗衣机进行洗涤，操作人员需要经过更衣和风淋之后，进入更高的洁净区域进行后续操作。洗衣机在维修过程中，可能会造成尘埃颗粒及水汽的散发，所以，洗衣机的主体安放在低的洁净区，以免污染洗涤干净的织物及外周的环境。在别的洁净区，根据新风走向，洁净度从取出衣物、烘干、折叠、打包到输送出洁净区这一套流程，在整体上有一个洁净度从低到高过渡过程。在整个操作过程中，操作人员带洁净手套，在低洁净区和高洁净区需要常备用洁净手套以备使用。后，打包好的织物送去高压灭菌，以后一道壁垒防控洁净区微生物污染的风险。
卫生隔离式洗脱机的装载门采用双扉式结构，设置前污门和后净门，从前污门进行装料，洗好后的织物从后洁净门取出，做到了洁区和污区以及洁污完全物理隔离，避免出现二次交叉感染。而普通的洗脱机只能做到单门进出料，脏的医用织物在被塞进洗涤转笼时势必会将病菌污染到装料口，而在往外取洗好的医用织物时，干净的布草在装料口转瞬就会重新被污染。隔离式洗脱机的双扉式结构满足了医用织物的洗涤和感控要求。
