此外，可以制定政策，引导消费者积极参与生物燃料的使用。欧盟航空公司开发了碳排放交易系统，并为航空公司规定了碳排放配额。在该系统中，以2004年至2006年往返欧盟的航空公司的年平均碳排放量作为该航空公司的排放基线。
2012年航空公司的累计碳排放量不得超过基线的97%，2013年不得超过基线的95%。在排放制度实施初期，航空公司可以免费获得一定比例的免费排放配额，但免费配额逐年减少，非免费配额需要通过有偿拍卖获得。
然而，目前微藻生物柴油的生产成本仍然很高，这是制约其商业化生产的瓶颈。除了继续开发具有优良产油性能的藻类外，还实现微藻生产的综合利用。例如，从微藻中获得高附加值产品，如DHA、类胡萝卜素和活性多糖，并将废弃海藻残渣用作水产养殖的诱饵。
