目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
层要重视研发部门的设置 包括人员的配备和设备的配备。要重视研发部门与财务部门的沟通与协调。研发部门在制订研究开发项目立项报告的基础上与财务部门共同建立研发投入核算体系，建立研发人员的绩效考核奖励制度。研发部门与财务部门共同按月编制研究开发项目立项报告及企业研究开发项目情况表，以各个研发项目为单位分别进行测度并加总计算研发费用。
健全内部控制制度 确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
