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鸽粪在发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。
由于一般物料生产周期仅3―7天，尽可能地避免了有机物料中的养分的流失，加上微生物的作用，把一些作物难以吸收利用的物质（如难溶的磷钾矿物质）、纤维素木质素转化成可被作物吸收利用的养分，肥效比不发酵要好得多。
鸽子粪发酵的原理
鸽子粪发酵的原理是利用有机物质在微生物的作用下，分解产生热能和气体，从而使得有机物质发生变化，变成适合植物生长的有机肥料。发酵过程中，通过控制温度、湿度、通风等条件，可以有效地杀灭有害菌群，提高有益菌群的数量和活性，增加有机肥料的稳定性和肥效。
