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2．制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长，和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。
3．增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4．减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。
有机肥料
有机肥料（manure） 天然有机质经微生物分解或发酵而成的一类肥料。中国又称农家肥。其特点有：原料来源广，数量大；养分全，含量低；肥效迟而长，须经微生物分解转化后才能为植物所吸收；改土培肥效果好。常用的自然肥料品种有绿肥、人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥和废弃物肥料等。
从事农业生产工作的种植者都知道，农作物的生长离不开土壤，因为植物需要的养分一部分是从土壤中吸收的，所以土壤中的养分含量决定着植物的状态，土壤中含有很多种营养元素，其中作为大量元素的氮、钾、磷对植物的生长至关重要。通过肉眼很难判断土壤元素的多少，要想准确得出土壤中各类元素的含量，就通过土壤肥料养分检测仪的测定才行。
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