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虽然有机肥的成分种类较多，但是每种养分的含量相对较少，并且病菌较多。需要存放腐熟以杀灭病菌、并与化学肥料配合使用，效果更好。
随着科学技术的不断发展，通过有益菌群的人工筛选、分离、驯化培养技术，将有益菌群接入无害化处理后有机肥中，可以生产出多种多样不同品种的生物有机肥，它能改善土质、减少环境污染、增肥增效等。
有机农业中使用的有机肥需经过有机认证机构的认证，符合产品的生产标准。近些年来，我国各种生物肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。这些生物肥料以科技含量较高、增产效果明显和为主要特点，它的生产、推广和应用对增进土壤肥力，提高农作物产量，改善农作物品质和切实推行农业可持续发展都有积极意义。 针对生物肥料在生产、产品质量和使用等方面存在的问题，本刊记者采访了江西农业大学高勇生教授，旨在提高农村广大群众对这类肥料的认识，更加正确、科学地使用这些肥料，以促进我国生物肥料的健康发展。
生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来历并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。和化肥比较，生物有机肥营养元素完全，具有改善土壤、进步产品品质、改善作物根际微生物群、进步植物的抗病虫才能、进步化肥使用率等特色，深受农喜欢。可是，在近年来生物有机肥出产经销和实践使用中，却呈现了一系列亟待解决的问题，详细如下：
堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。
沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.
厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.
沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
绿肥：利用栽培或的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。
在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。
矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。此类产品要通过有机认证，并严格按照有机标准生产才可用于有机农业。
饼肥：菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。
泥肥：未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。
羊粪有机肥，生物有机肥，鸡粪有机肥，牛粪有机肥，育苗基质，等等
