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2．制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长，和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。
3．增强植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4．减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。
绿色食品肥料使用准则 种植作物要求施肥使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤微生物活性。所有有机或无机（矿质）肥料，尤其是富含氮的肥料，应以对环境和作物（营养、味道、品质和植物抗性）不产生不良后果为原则。 一、AA级绿色食品的肥料使用准则AA级绿色食品：系指在生态环境质量符合规定的产地，生产过程中不使用任何化学合成物质，按特定的生产操作规程生产、加工、产品质量及包装经检测、检查符合特定标准，并经机构认定，许可使用AA级绿色食品标志的产品。 1．用绿色食品标准规定允许使用的肥料种类，禁止使用其他化肥，禁止使用有害的城市垃圾和污泥。的粪便垃圾和含有害特质（如毒气、病原微生物、重金属等）的工业垃圾，一律不得收集作生产绿色食品的肥料。 2．秆还田可因地制宜地进行。绿肥利用形式有覆盖、翻入土中与混合堆沤。绿肥好在盛花期翻压，翻埋深度为15厘米左右
尿素在应用中需要注意的问题
碳铵与尿素：短期内呈酸性反应，会加速尿素中氮的挥发损失；
碳铵与菌肥：碳铵会散发一定浓度的氨气，对菌肥里的活性菌有毒害作用；
磷肥与锌元素：磷和锌产生化学反应，形成磷酸锌，降低磷和锌的利用率；
农家肥与碱性肥料：人畜粪尿中的主要成分是氮，若与强碱性肥料混用，则会中和而失效，碱性肥料包括草木灰、石灰氮、石灰、钙镁磷肥等；
化肥与菌肥：化肥有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，和性肥料混合施用的话，会杀伤或抑制活菌体使性肥料失效；
过，难溶性磷肥与碱性肥料：过遇到碱性肥料，会降低施肥效果。难溶性磷肥包括磷矿粉、骨粉等，这些肥料与碱性肥料混合，会更难溶解于水。
